Si le statut d’auto-entrepreneur concerne des indépendants, il a certainement une incidence sur le marché du travail et sur le salariat. Les organisations professionnelles de salariés commencent donc à s’y intéresser, d’autant plus que des salariés ou anciens salariés peuvent y avoir recours.

Dans un article publié par le quotidien économique Les Echos (14/05/2009), intitulé « Les syndicats craignent un phénomène de substitution par rapport au salariat », la Cgt évoque le cas de sociétés spécialistes de la réception d'appels à domicile (télétravail) qui ne recruteraient désormais plus que des autoentrepreneurs.

Les syndicats redoutent qu'à terme les entreprises privilégient le recours à des autoentrepreneurs plutôt que l’embauche de salariés : coût moindre, non-application des conventions collectives et exonération de nombreuses réglementations du travail, à commencer par celle sur le temps de travail.

Pour l'autoentrepreneur, l'indemnisation n'est pas assurée la première année en cas d'arrêt maladie, il n'y a pas de couverture chômage, et les droits à retraite sont moins favorables que pour le régime général.

Les syndicats craignent également que des demandeurs d'emploi se lancent avec des projets trop fragiles depuis qu’un taux de cotisation abaissé est proposé aux chômeurs (1er mai 2009).

En juin 2008, le syndicat Cfdt de l’hôtellerie avait vu dans le statut alors annoncé une attaque contre le droit du travail, pointant le risque de contrats d’autoentrepreneurs conclus avec des migrants dans leur pays d’origine.

En janvier 2009, c’est le syndicat des impôts Union SNUI – Sud Trésor qui dénonçait dans un communiqué un régime destiné à, « sous couvert de simplification, dépecer l’impôt sur le revenu… »

Ce qui choque le principal syndicat d’agents des impôts, c’est « l’inégalité devant les contributions communes (cotisations sociales et impôt sur le revenu) ».

Le SNUI proposait l’exemple de deux employés célibataires et percevant chacun un revenu net de 21 600 euros. L’un, M. Martin est salarié ; l’autre, M. Durand est auto-entrepreneur. Selon les calculs du syndicat, l’entreprise employant M. Martin supportera 4 080 euros de plus au titre des cotisations sociales. Tandis que M. Durand paiera au fisc 1 033 euros de moins que son collègue, redevable de l’impôt sur le revenu.