Thierry Breton, du ministre de l'économie, des finances et de l'industrie et Jean-François Copé, ministre délégué au budget ont défini, par arrêté en date du 24 août 2006, qui assurerait le contrôle économique et financier de l’État sur les maisons de l'emploi constituées sous forme de groupements d'intérêt public (GIP). Il s’agira du trésorier-payeur général (TPG) du département du siège du groupement. Il exercera ce contrôle « en liaison avec la mission du service du contrôle général économique et financier des organismes chargés de l'emploi et de la formation professionnelle ». De fait, c’est la solution qui avait déjà été choisie pour la Maison de l'emploi meusienne.

Il y aura cependant une exception, car c’est la mission qui exerce directement le contrôle sur le groupement d'intérêt public « Maison de l'emploi de Paris » comme cela avait été décidé par un arrêté du précédent du 16 février 2006.

Selon le ministère de l’emploi, de la cohésion sociale et du logement une ordonnance « en cours de préparation » devrait réformer les textes de 1982 sur lesquels sont fondés les groupements d’intérêt public. En effet, aucun cadre particulier n’est donné pour les GIP maisons de l'emploi. Pour l’instant, le choix d'une comptabilité de droit public ou de droit privé, « se négocie avec les services du TPG. Cette négociation inclue également le choix du type de gestion patrimoniale des biens non immobiliers acquis par le GIP. »