34 structures ou groupements ont été sélectionnées par appel d'offres pour être opérateurs d’un ou plusieurs lots de contrats d’autonomie dans les régions. Elles sont rémunérées au résultat était, le tarif officiel étant de 6.000 euros par jeune s'il retrouve du travail, une formation ou crée son entreprise.

La plupart des opérateurs retenus sont des sociétés privées, avec deux groupes dominants, Ingéus (prestations d’aide à l’emploi), et C3 Consultants (ressources humaines). On trouve aussi des groupes d’intérim (Védior, Usg Restart, Adecco), d’autres groupes de ressources humaines (BPI, Sodie), des organismes d’insertion et de formation (Retravailler, AFEC, Afpa, Afij) ainsi que des organismes locaux. Les missions locales ont été retenues sur deux lots seulement (Haut Rhin et La Réunion).

En juin 2009, le secrétariat à la Ville a ajusté les modalités de paiement des opérateurs, « qui se plaignaient de problèmes de trésorerie » selon le blog Quartiers sans cible (28/08/2009). Ils ont désormais droit à être payés 40% du montant total lors de la prise en charge du jeune, puis 30% lors du placement et 30% s'il se stabilise.

Les taux contractuels étaient respectivement de 25%, puis 40% et enfin 35%. Le minimum assuré pour un opérateur, qui était de seulement 1 500 euros, est donc passé à 2 400 euros (+60%).

Ce changement de règle en cours de route est assez étrange : des compétiteurs qui avaient été rebutés par l’aspect financier de l’opération pourraient s’estimer lésés.